便利店冷柜要定期清理，这样不仅可以保持风幕柜内整洁干净，还可以减少异味的发生。清理便利店冷柜前要做些准备工作，将便利店冷柜中存放的物品转移出来，然后断开电源。
擦拭便利店冷柜时，除了对外部及玻璃擦拭外，还要对内部分别清洗下底托板、底搁板；便利店冷柜有灯光照明的搁架及插座孔不得沾水，否则搁架的照明系统可能短路或损坏，取下搁架，分别用湿布擦拭。注意不要用腐蚀性洗涤剂，短期可能没问题，多次后便利店冷柜会被腐蚀，外观看起来无光泽。
清洗便利店冷柜时，绝对不要用水冲洗，以免造成短路发生故障。除了存储空间的清理，便利店冷柜制冷系统表面灰尘也需要清理，灰尘过多会影响便利店冷柜的制冷系统散热，从而造成制冷效果下降甚至不制冷。待所有的零件都干燥后，再给便利店冷柜通电，启动制冷，以免损坏便利店冷柜和危及人身平安；便利店冷柜达到合适的工作温度后，再重新放入物品。
便利店冷柜使用时要摆放平稳，否则可能出现震动异响；要摆放在通风的位置，周边要留有20CM以上散热空间，远离热源；便利店冷柜工作时电源电压要稳定，否则需要加装稳压器。