水果和蔬菜采摘后仍为有生命体，果实组织中仍进行着活跃的新陈代谢过程，对微生物的侵入有抗御能力。但当这种生命体发展到后期即过熟阶段，新陈代谢变慢甚至停止，果实成份与组织均发生了不可逆转的变化，使其失去营养价值和特有风味，在微生物作用下开始腐烂。
水果和蔬菜的呼吸实质上是果实内有机物缓慢地氧化。在有氧条件下，果实内作为基质的糖、有机酸以及复杂的碳水化合物被完全氧化分解为二氧化碳、水和热量，维持正常的生命活动。在缺氧条件下，果实内的基质不能完全氧化分解，只能产生结构比较简单的化合物如乙醇、乙醛等和少量的热量。缺氧呼吸果实为获得与有氧呼吸同样多的能量，就必须氧化更多的呼吸基质，即消耗更多的贮藏物质，使果实质量变差，缩短贮藏期。
水果和蔬菜呼吸还产生水量乙烯和其他微量气体。乙烯诱发果实呼吸强度升高，从成熟进入完熟。乙烯是果实成熟的启动物质，是一种催熟剂，不仅加快成熟速度，而且均匀改变成熟过程。但乙烯也有许多不利影响，如：
①在储荐期间不希望的加速成熟；
②加速某些未成熟的果实（黄瓜、南瓜等）和多叶蔬菜枯黄、失去绿色；
③在莴苣上产生黄褐色斑点；
④刺激或抑制土豆发芽，这取决于乙烯的浓度和时间；
⑤芦笋变硬。
保证水果和蔬菜新鲜的高质量运输不仅要控制乙烯，还要控制二氧化碳、水汽和呼吸发出热量造成的损坏。
一般情况下低温可降低水果和蔬菜的呼吸强度，但也使它们由于生理失调而造成冻害，因此应正确设置温度。
为保证水果和蔬菜正常的呼吸活动，需供应适量的氧所。应正确设置冷箱新鲜空气换气窗开度比率，但应特别注意换气窗要远离乙烯源，象柴油机排气管等。
为避免由于水汽使霉菌和真菌繁殖造成腐烂及水汽凝结造成的其他损坏，应正确地设置相对湿度，降低箱内的湿度以达到最佳贮藏运输环境。
控制二氧化碳、乙烯、氧气影响有许多方法，例如：
①一次气调法（MA）。指利用气密材料，使果实与周围的气体不与外界进行交换，保持充入气体结构或靠自身呼吸作用达到适合的贮藏环境。
②连续气调法（CA）。指对贮藏环境不断地进行检测与调整，保证在最适合的气体成分比例下贮藏。连续气调法包括人式降氧法和硅窗自动气调法。
③使用高锰酸钾也可吸收乙烯，有助于改善贮藏环境。
水果和蔬菜应使用合适的包装，且在冷箱内正确堆装，使箱内气体循环良好，氧气均匀分布和减少有害气体、水汽及热量的聚集，保证良好的贮藏环境。
不同的季节运输不同的水果和蔬菜，均应详细计划。在许多国家还有必须遵守的特殊规定，如产品质量、药水清洗、包装上的标签和果蝇在运输期间已被杀灭的证明等。
水果和蔬菜高质量的运输始于采摘。首先应在理想的时间和成熟状态下采摘，然后对果实细心地拣选、整理和清洗，再是降温减缓果实成熟过程到最慢，最后是正确地使用包装材料对果实迅速进行包装，使水果和蔬菜处于低温状态，在正确的温度、湿度、气体成分环境下运输。
保鲜肉类、根茎蔬菜（像胡萝卜）、水果（像橙、香蕉）和一些活植物属于温度敏感货物，在运输期间温度必须保证在其冰点或损害点1℃之内。装运这些货物对冷箱应进行预冷，并且用“冷风通道”迅速装妥货物。应使用箱带发电机保持冷箱制冷系统连续工作，避免温度波动。
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